Nato nel 1938 a Livio (Trento) viene ordinato sacerdote nell'Istituto dei missionari comboniani nel 1964, dopo aver completato gli studi di teologia a Cincinnati (Usa) ed essersi specializzato sulla religione dell'Islam alla Sorbona di Parigi. Inviato come missionario nel Sudan, vi rimase dal '64 al '73, quando viene espulso dal governo per aver appoggiato la minoranza del popolo Nuba.
E' stato Direttore di "Nigrizia" (visita il sito), dando notorietà alla rivista e facendone programmaticamente la "voce dei senza voce" e denunciando, con una critica radicale, il sistema politico-economico del nord del mondo, che crea nel Sud situazioni di un sempre maggiore impoverimento culturale ed economico.
E' stato tra i fondatori del movimento "Beati i costruttori di pace".
Nel 1981, su "consiglio" del Vaticano, Zanotelli viene rimosso dall'incarico
e inviato a fare il missionario in Kenya, dove rimane per 14 anni, dei quali
12 trascorsi nella baraccopoli di Korogocho, vicino a Nairobi.
Ora è rientrato definitivamente in Italia, a vivere "nel rovescio
dell'Inferno". Ha scelto di continuare la sua missione nei quartieri più
poveri di Palermo.
Dice di sentirsi "in un altro mondo", quello di una offensiva opulenza che sintetizza con un'osservazione che riguarda un problema che ridicolmente ci angoscia, quello dei rifiuti, che lui chiama spazzature:" con tutte queste spazzature a Kogorocho vivrebbero in tanti!".
Particolarmente feroce è da sempre questo missionario comboniano nella condanna dei mercanti di armi, condanna sulla quale, dichiara, avrebbe voluto sentire più forte la voce del Papa; mentre sostiene che l'Islam (si pensi a Gandhi) non è violento, perché "la violenza è negli uomini, non nella religione".
Tra i suoi libri ricordiamo "Inno alla vita - Il grido dei poveri contro il vitello d'oro", "Leggere l'Impero", "I poveri non ci lasceranno dormire", "Non ci sto! Appunti per un mondo migliore. Conversazione tra Pietro Ingrao e Alex Zanotelli".
Ha partecipato all'edizione 2000 del World Social Forum e all'edizione 2002 della World Social Agenda: