Nasce a Tirana nel 1951 all'interno di una famiglia in vista nell'establishment comunista. Nel 1973 si laurea in fisica presso l'Università della sua città.
Nel 1974 viene arrestato per associazione e propaganda contro il regime, a causa del ritrovamento di alcuni scritti contro la dittatura comunista. Solo nel 1991, al crollo del regime comunista, verrà liberato. Il suo arresto, assieme a quello del padre, direttore a quel tempo della televisione albanese, fu fra i primi di una violentissima campagna scatenata da Enver Hoxha contro quelli che considerava i "liberali" all'interno del regime.
Segretario del Forum per i diritti dell'uomo a partire dal 1991, diventa l'intellettuale più lucido nell'analisi del periodo enverista dello stalinismo, e delle contraddizioni della nuova democrazia albanese. Nel 1997, durante la crisi delle finanziarie piramidali, è uno dei tre segretari del forum delle opposizioni al regime di Salih Berisha.
Dalle colonne del quotidiano Shekulli i suoi editoriali contro la corruzione e la mancanza di una concezione del bene pubblico nel sistema politico albanese rappresentano una delle poche voci autonome nel panorama intellettuale albanese.
È fondatore e direttore della rivista culturale Perpjekia (impegno), con la quale ha iniziato un'opera di demistificazione dei miti nazionalisti della cultura albanese.
Fra le sue opere va ricordato "Il diario della prigionia", pubblicato anche in Italia dall'editore Costantino Marco, e "Ridenimi" (La ricondanna). E' autore di numerose altre opere e di innumerevoli saggi, in cui l'attenzione di Lubonja si concentra con implacabile lucidità sull'analisi del potere, in qualunque forma si possa presentare.
Considera la battaglia per i diritti dei migranti come delle più giuste e significative nel tempo della globalizzazione. La sfida più grande dell'Europa in questo momento è per Lubonja l'atteggiamento verso i migranti, che dovrà essere il vero discrimine fra destra e sinistra, che deve essere più coraggiosa per salvare l'Europa dalla barbarie nazionalista e xenofoba.
Nel 2002 ha vinto il premio Alberto Moravia per la narrativa straniera.
Ha partecipato all'edizione 2001 del World Social Forum: